| 良種是生產優良中藥材的物質基礎，在整個中藥材產業中具有舉足輕重的地位，也是當前中藥材產業全面發展面臨的一大重要課題。中藥材良種選育除了和普通農作物一樣觀察產量、抗逆性等，還必須堅持對整個生育期各個生長發育階段以藥用成分為指標的質量監控。良種選育的方法很多、應用也十分靈活，但歸納起來最基本的方法有單株選育和混合選育法兩種。
單株選育法：在原始群體中選擇優良個體分別收獲、保存，再分別撥中成株行，進行鑒定比較，淘汰不符合要求的株行，選擇有兩株行。此法由于將入選個體分別種成株行，以其后以表現為鑒定、比較和選擇的依據，誤選的不良單株后裔可以最大限度的剔出，因而選擇的效果好且最為常用。單株選育勿應于自花授粉，常異花授粉藥用植物，也可用于無性繁殖藥材，將選到的優良單株，用營養繁殖的方式保留和鞏固。
混合選擇法：從品種群體中按一定的經濟性狀和特性（如成熟期、株高、產量、質量性狀等） ，選出優良個體（單株），混合收獲，一年混合播種，與原品種和標準品種進行比較。此法由于將入選的個體混合收獲，混合撥中，因而不能進一步鑒定入選個體后代性狀表現，這樣便可能把優良條件表現好而遺傳性狀并不理想的個體誤選。同時，在其后代進一步選擇時，一些不良后代分散在整個地塊中，難以全部被識別和剔出，因而降低了選育效果。混合選育簡便易行，并能迅速從原有品種混雜群體中分離出性狀優良的類型，同時可獲得優良種子，以花授粉藥用植物，用連續單株選育方法很難玉成穩定一致的優良品系，而用連續混合選育方法進行群體改良時，就可選育出相對一致，各方面性狀有所提高的優良品種。
在中藥材育種工作中，要根據藥用植物種類，材料的變異和優良程度，與改良性狀的遺傳特點及育種任務等而靈活應用選育方法。除上述方法外，還可以用物理、化學或基因工程的方法培育中藥材優良品種。但無論采用何種方法，都必須在中藥材質量監控下進行。
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